10月末，凭借陆军数量优势，总统派所部部队推进至国会派大本营伊基克。

11月，总统派和国会派舰队于伊基克外海海域爆发大战，国会派舰队获得胜利，全歼总统派海军，自身却也付出重大损失，

排水量6900吨的普拉特舰长号、排水量3600吨的“海军上将考克朗”号、排水量2000吨的“胡阿斯卡”号小型铁甲舰沉没，

排水量4000吨的“恩卡拉达号、排水量5000吨的埃斯美拉达”号受损。

伊基克海战过后，昔日位居南美海军首位的智利海军，因为内部分裂，主力损失过半，哪怕获得海战胜利，仍然拥有大小军舰二十余艘的的国会派，也因为陆上战争失利，控制面积大大缩小的原因，丧失了战争的主动权。

1892年1月，围绕伊基克的包围持续收紧，在失去北部、中部多个主要港口基地的补充后，残余舰队对总统派的袭扰频率以及造成的损害越来越低。

1892年3月，历经近4个月围困，弹药消耗殆尽的国会派守军内部爆发冲突，3月12日，部分部队让出防御阵地，总统派部队通过防御缺口，攻入伊基克城内。

3月13日，自知大势已去的国会派首脑豪尔赫·蒙特开枪自杀，残余部队失去抵抗意志，纷纷放下武器投降。

智利内战因为英国、法国、美国等外部国家的干预，持续时间超过一年，长期的内战消耗对原本富裕的智利造成了沉重打击，人口数量由战前87万人，减少至不足70万，超过三分之二吨位的主力军舰，损失在双方的拉锯战、袭扰战中。

交战双方，陆海军伤亡总数超过3万人，对于人口不过80余万的智利而言，3万军人的伤亡，无疑是个沉重的打击。

为报复英、法两国扶持国会派，封锁对总统派的武器、军舰禁令，同时也是为了讨好美国，获取美国更大程度的支持，

智利总统巴尔马塞达直接将战前遭到国会派反对，涉及英国资本的相应政策提案，全部通过，并且对国会派掌控的工厂、矿场等行业，进行清算、查封。

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智利总统巴尔马塞达的施政措施，获得了美国方面的赞赏和支持，却也激化与英国、法国的矛盾，智利新政实行之后，原本由英国掌控的硝石、铁、铜、铝等矿场资源，皆遭到智利政府的强行赎买。

哪怕英国派出军舰威慑，也未能改变巴尔马塞达进行国有化改革的决心。

智利危机是继阿根廷战争之后，英国在美洲地区遭受的第二次沉重打击，而且，单论利益损失数量和影响而言，智利危机带来的损失，远超过阿根廷战争。