他治学热中于朱子学，庆长9年时遇到藤原惺窝，学问受其影响甚大，藤原亦对林罗山的聪颖相当欣赏，因而于次年的1605年将他推荐给德川家康，以二十三岁的年轻少年身份，成为德川的智库。

1607年他在江户为第二代将军德川秀忠讲学。宽永元年，时他成了第三代将军德川家光（秀忠的长子）的老师、以后幕府的相关政治、公文文书起草他多有参与。宽永12 年，他起草了武家诸法度一书、次年1636年则参与了伊势神宫的参拜典礼。宽永9年，他在上野国忍冈一地兴建先圣殿、之后称为昌平阪学问所，在此成为他发扬新儒学的基地。林罗山对德川幕府早期成立时的各种相关制度、礼仪、规章和政策法令的制定贡献很大，此外他对日本儒学的推展亦功不可没。

“哦，原来是大学头，您怎么来了。”德川家光一看是林罗山，心中竟隐隐的有一些踏实的感觉。此刻仿佛抓到了救命稻草一般，赶紧问道：“大学头可有什么妙计？”

“妙计不敢说，但是守住将军打拼了几十年才有的这番基业还是可以的。”

“啊，那可真是太好了，大学头快快讲来！”

林罗山看了一眼德川家光，缓缓说道：“将军眼下需要做三件事！”

“哪两件事？”德川家光紧跟着问道。

“第一，我听说那明国眼下，军中有一位年轻的新秀，此人才二十多岁，在十多岁的时候，就带兵四处征战，为大明王朝屡立战功。年纪轻轻就已经被封为修罗王，这在大明的历史上可不多见。这次来犯的明军，很可能就是此人挂帅。”

“哦？才二十多岁的的一个明国年轻人，就能打败我们和欧洲国家组成的强大联军？”德川家光问道。

“将军，不要小看年轻人，特别是明国的年轻人。华夏民族的那片神秘土地上，生长出来的旷世奇才还少吗？”说完林罗山有些苦涩的看了一眼德川家光，接着说道：“当初将军受到了西班牙和荷兰人得挑唆，执意要攻打大明，我当时极力劝说将军不要招惹这个庞然大物。毕竟丰臣秀吉的例子距离现在也不是很遥远，可是将军你当时被利益蒙蔽了双眼，才酿下了今日之祸呀！”

“唉…大学头别说了，你也知道咱们这个鬼地方什么资源也没有，还动不动就地震。可是那大明占据着那么多优良土地，拥有那么多的资源，还有数不尽的各种宝藏。我就想，凭什么？凭什么！”