九月，追谥生母贤妃为孝纯皇后，册封周氏为皇后。

朱由检继位后，铲除魏忠贤及其党羽。

他先是对魏忠贤加以礼遇，打消其疑虑。

天启七年十月以来，大臣陆澄源、钱嘉征等人陆续向魏忠贤发起弹劾，列举其十条罪状。

魏忠贤在朱由检面前哭诉，朱由检命内侍当廷朗读钱嘉征的奏状，让魏忠贤跪着聆听，魏忠贤十分恐慌。

之后，魏忠贤以生病为由请求辞职，朱由检批准其回家养病，后将其贬谪至凤阳，又以其身边多有身带兵刃的亡命之徒、疑其有反叛之心为由，将其逮捕至京，魏忠贤得知后自缢而死。

朱由检又逮捕其党羽，或处以死刑，或发配充军，铲除了阉党势力。

朱由检继位后励精图治，勤于政事。

他每天“鸡鸣而起，夜分不寐”，常去文华殿召见大臣，讨论政事，坚持每日讲筵，学习《大学衍义》及《宝训》《大明律》诸书，并勤勉批阅奏章，有时批阅到半夜才休息。

为了迎击后金，崇祯元年（1628年），朱由检将袁崇焕任命为兵部尚书兼右副都御史，命他率兵前往辽东前线，抗击后金。

崇祯二年（1629年）十月，后金大汗皇太极南下进犯，兵临北京城下，朱由检命袁崇焕率兵回防，守卫京师。

十一月二十三日，朱由检召见袁崇焕、兵部尚书申用懋等人，抚慰赏赐守卫京城的诸臣。但不久，大臣温体仁上书弹劾袁崇焕通敌，朱由检信以为真，再次召见袁崇焕，责问他擅杀毛云龙、战事不利等事，命锦衣卫将他逮捕，其后又判处袁崇焕死刑。

十二月十七日，朱由检命部将满桂迎击后金军队，结果明军大败，明军将领满桂和孙祖寿阵亡。

崇祯年间，由于小冰河期发展至高峰，导致干旱、蝗灾频繁，粮食歉收，造成了“民穷财尽”的局面，西北地区和中原受灾尤为严重。

朱由检曾采取多种措施试图缓解旱灾，如崇祯三年（1630年）四月，因天久大旱，朱由检搬至文华殿居住吃斋，并命百官修身反省。

崇祯七年，朱由检减免了登州和莱州两个受灾地区的欠缴赋税，又向陕西、山西发放钱币，赈济灾民。