后来在连日的行军中，孙传庭生病导致耳聋，孙传庭自知无力继续担任保定总督的重任，于是上疏请辞保定总督，并举荐杨文岳替代。

但这一行为，在崇祯帝看来他是在推诿责任，崇祯帝要求他继续负责领兵，并命兵部派人核实。

经兵部回报属实后，崇祯帝才将他革职，但崇祯帝仍然不放心，派御史杨一儁再去核实。

当时孙传庭驻扎在易州，等待御史杨一儁的再次查勘。

但此时又有保定府的教谕尹三聘举报孙传庭杀良冒功，虽然杨一儁再次核实孙传庭病情属实，并认为尹三聘的告状为诬陷，杨一儁拒绝受理。

但崇祯帝在刘宇亮、高起潜等的影响下，已经失去了对孙传庭的信任。

崇祯帝在得到杨一儁的回报后。依然坚称孙传庭称病“显属欺罔”，并认为杨一儁在包庇他，遂将孙传庭和杨一儁两人一并革职，于崇祯十二年（1639年）派锦衣卫将孙传庭逮捕入狱。

孙传庭就这样，一直在大牢中待了三年。

崇祯帝见到孙传庭后，先是对他勉励了一番，“伯雅（孙传庭字伯雅），此前是朕听信谗言误会了你。

如今大明正值危难时刻，伯雅你可一定要为国效力，替大明剿灭逆贼。”

崇祯帝并没有直接跟孙传庭说，要剿灭的是赵安的安国军，孙传庭还以为崇祯帝说的是农民军。

对于剿灭农民军孙传庭还是十分有信心的，再加上孙传庭已经在大牢中待了三年，他十分珍惜这个来之不易的机会。

为了讨崇祯帝的欢心，再加之对目前大明情况的不了解，孙传庭对着崇祯帝吹嘘道，“陛下勿忧，给我五千精兵，卑职定可剿灭逆贼！”

崇祯帝闻言大喜，虽然他也不清楚孙传庭能不能剿灭赵安，但是孙传庭还唯一一个当着他的面说，只用五千精兵就可以剿灭逆贼的将领。

崇祯帝当即回答道，“好，朕给你一万精兵，伯雅可千万不要在让朕失望。”

“还请陛下放心，如此必然是万无一失。”孙传庭一脸自信的对着崇祯帝回答道。

但是他没有注意的是，在场的文武大臣们，全都用看猴子一样的目光看着他。