而他也的确得到兵部尚书王永光的支持。

在二人的建议下，大明朝廷开始讨论，是否应该裁大明派驻在辽东的经略及总兵，将辽东所有的事权统一于辽东巡抚的方略。

然而天启帝并未听从此建议，不仅如此，天启帝还派出了六名宦官到辽东充当监军。

又将辽东经略改为辽东督师，并用王之臣取代高第出任辽东督师，位在袁崇焕之上。

同年夏，袁崇焕麾下两员将领——驻守前屯卫的赵率教和驻守宁远的满桂不和。

袁崇焕此次站在了赵率教一方，向明廷请求将让赵率教统领关外之兵，调离满桂。

但袁崇焕上书前，并未与刚上任的辽东督师王之臣商量，而王之臣也反对袁崇焕这种做法，袁崇焕因此与王之臣不和，一度请求辞职。

后来在大明朝廷的调解下，袁崇焕上书自责，并同意留下满桂镇守山海关，赵率教移镇宁远。

此后，袁崇焕与王之臣多有分歧，如袁崇焕欲贯彻自己“以辽人守辽土，以辽土养辽人”的构想，试图在关外大兴军屯，此方案受到王之臣的反对，明廷也未同意。

此外，努尔哈赤死后，袁崇焕打算趁建奴汗位更迭之际，“趁机进剿”。

袁崇焕先利用其便宜行事之权，派遣手下的李喇嘛去沈阳，借吊祭努尔哈赤为名窥探建奴虚实。

建奴新汗皇太极，趁机提出议和的请求，袁崇焕有意答应，准备“因而间之”（即趁机离间）。

王之臣则反对派吊使及议和，称此举会令明朝的藩属蒙古及朝鲜寒心。

而当时大权在握的大太监魏忠贤，支持袁崇焕的主张 ，于是大明与建奴双方开始议和交涉。

在此期间，袁崇焕先修松山、杏山二城，再修锦州、大凌河、小凌河三城。

为了在朝堂上得到支持，袁崇焕的立场也逐渐倾向“阉党”。