桓温行废立事后，开始大肆清除异己，司马昱受桓温牵制，不过是个傀儡，又害怕如司马奕那般被废黜，整日坐立不安，不久就忧愤成疾。

东晋咸安二年（372年）七月甲寅，病重的司马昱为召桓温入朝辅政，一日夜间连发四道诏令，桓温都推辞不至。此前拥立时，司马昱就封桓温为丞相，留其在京师辅政，被其辞让后还镇。回到姑孰后，司马昱又派了王坦之征召桓温入朝辅政，仍然被推辞。

真的是人越老胆越小，桓温十五岁假扮吊客混入丧庐，手刃仇人为父报仇，此时重兵在握，却不敢轻入建康。说桓温没那个贼胆吧，他又时刻惦记着篡位，废立之后夺位倒不敢了，司马昱活着的时候请他摄政不敢去，反而指望司马昱死的时候禅让。

司马奕还没被废位时，曾赐武陵王司马曦羽葆鼓吹，许其入朝不趋、赞拜不名、剑履上殿，司马曦并未接受，却也说明其受重视程度远胜旁人。而关键在于司马曦才略一般，唯独