于是，起义军五大营在夔州停留一日后，退回了湖北。

五大营兵分三路，一路进犯均州，开往河南；一路进犯郧阳，开往淅川；一路进犯金漆坪，渡过黄河后进犯商南。

五省总督在得知起义军各部的动作之后，立即亲身前往均州，然后传檄各路军官和四位巡抚，联合讨伐起义军。

陕西巡抚练国事驻军商南，遏止起义军向西北去。

郧阳巡抚卢象升驻军房县、竹山，遏止起义军西逃。

河南巡抚玄默驻扎在卢氏，阻止起义军逃往东北。

湖广巡抚唐晖驻军南漳，阻止起义军逃向东南。

在陈奇瑜这位五省总督的安排之下，明宛若一张撑开了大网，要将起义军这些鱼儿一网打尽。

大网撑开之后，陈奇瑜同卢象升会合，一起率领将士从竹奚谷到达平利的乌林关，途中十多次作战，斩获贼兵首级一千七百多。

过了七天，在乜家沟大败起义军，斩获一千零八十多首级，总兵邓玘功劳最大。

过后，又在竹奚谷设下埋伏，连续开战，斩获三百多首级。

到狮子山，斩获七百二十多首级。

其他将领杨化麟、杨世恩、周任凤、杨正芳等分路追杀贼兵，抓住了起义军首领翻山虎等人。

对起义军的作战接连告捷，陈奇瑜是开心不已，立即给崇祯皇帝上书，曰：“湖北境内多次告捷，一时大的盗贼几乎削平了，那些逃窜到深山中去的，我带领乡兵引路把每个山洞都搜到，湖北慢慢就会得到平静的地面了。”

崇祯帝看到了陈奇瑜的上书，也是非常的开心，并对陈奇瑜进行了嘉奖和慰劳。

受到嘉奖的陈奇瑜，更加的立功心切，率领副总兵刘迁等人搜索竹奚谷、平利的残余贼骑，追到五狼河，抓住义军首领等十二人。

派参将贺人龙等追击了八昼夜到达紫阳，起义军死去的人数多达万余。

起义军接连失败，只得选择逃离，大部队直接进入了四川，然后从四川进入了陕西！