公孙瓒根本不是袁绍的对手，虽然现在他击败了袁绍，也只是一时之利，最终还是会败于袁绍之手。

刘岱听从了程昱的建议，范方带领的骑兵还未到，公孙瓒就已经败于袁绍之手，事后刘岱上书推荐程昱为骑都尉，程昱以身体抱恙为由拒绝了他。

初平三年（192年），鲍信等人迎曹操出任兖州牧，

封程昱为寿张县令，曹操为报父仇兴兵与陶谦大战于徐州城下，派荀彧与程昱留守兖州。

张邈、陈宫趁机背叛曹操，迎接吕布入兖州。

此时只剩下鄄城、范县、东阿县还在荀彧与程昱手里。

荀彧对程昱说：“现在吕布大军压境，三县的百姓十分害怕。

你在兖州德高望重，现身安抚一下百姓。”

程昱到范县去见县令靳允，劝说他慎重选择主公，吕布此人莽夫也。

为人蛮横，必定不能长久，曹公心怀大义，定能庇护黎明百姓，希望你慎重考虑，”靳允听了说：“我誓死效忠曹公。”

于是杀了吕布派来的说客。程昱派兵截断仓亭渡口，陈宫无法渡河，此时东阿令枣祗已经率吏民拒城坚守。

又有兖州从事薛悌与程昱协谋，终于守住三城，

曹操回到兖州对他说“没有你，我就没有容身之地了。”于是让程昱担任东平相，屯于范县。

兴平元年（194年）曹操和吕布在濮阳交战，数次战况不利。这时爆发了蝗灾，于是双方都只能退兵。

在这时袁绍就派使者来说服曹操和他联合交好，想让曹操把家人迁到邺城居住。

曹操刚刚失去兖州，粮草辎重都已消耗殆尽，便要同意袁绍的要求。

这时程昱出使正好回来，曹操召见他，程昱趁机说道:“我听说将军要把家人送走，和袁绍联合交好”，曹操默然。

程昱说故意激将曹操，我看是将军遇到事情害怕了吧，不然为什么考虑得这样不深远呢，袁绍占据燕，赵之地，有吞并天下的野心，但他的才智却不足以做这样的大事。