顺治二年（1645 年）五月，清兵一路势如破竹，攻克南京城，朱聿键在福建福州称帝，自封隆武帝。与此同时，在湖北的李自成却发生了意外，他在九宫山被当地村民误杀身亡。李自成一死，他的部下刘体仁、郝摇旗等人便失去了主心骨，准备去投靠湖广总督何腾蛟。
五月间，这支部队突然开进湖南湘阴县，离省会长沙仅百余里路。长沙城里的人不知这支军队的来意，以为是前来攻打长沙的，吓得纷纷出逃。有人劝何腾蛟出城暂避一时，何腾蛟大义凛然地回答道：“死在左良玉之手，死在流寇之手，又有什么区别呢！何必逃走呢？”
当时，长沙知府周二南主动请求前去侦察情况，何腾蛟同意并派出一千名士兵护送他前往。没想到，大顺军误以为他们是前来交战的，于是万箭齐发，将周二南射死，随行的士兵也全部遇难。
这一下，城里人更是惶恐不安，无论官员还是平民，男人还是女人，都争相逃离长沙。城里一片混乱，局势十分危急。
何腾蛟和章旷商量后决定，派遣部下将领万大鹏等两人前往招安。刘体仁、郝摇旗看到来者只有两匹马，便出来迎接并将他们引入演武场，以美酒佳肴款待。这两人始终一言不发，只是与刘体仁、郝摇旗等人尽情畅饮。待酒足饭饱之后，刘体仁、郝摇旗等人询问他们的来意，二人回答道：“督师觉得湘阴地方太小，难以容纳你们庞大的军队，所以建议你们移驻到长沙去。”说着，他们取出了何腾蛟的手信，向刘体仁、郝摇旗等大顺军将领招安道：“何先生期待着你们归降的那一天，他发誓会永远保障你们享尽荣华富贵。”
郝摇旗等人非常高兴，立刻同万大鹏一道到了长沙。何腾蛟开诚布公地对他们加以安抚和慰问，设宴饮酒狂欢，并且用牛肉和酒搞劳了他的随行官员。何腾蛟命令先璧率领三万士兵演习骑射，大小军旗遮天蔽日。郝摇旗等又非常高兴，招集大顺军其他余部袁宗弟、蔺养成、王进才、牛有勇等都来归顺，一下子增加了十多万士兵，军威大振。
没过多久，李自成的将领李锦、高必正率领着十几万军队逐渐逼近了常德城。何腾蛟得知这个消息后，立刻下令让堵胤锡将这支队伍招安，并安排他们在荆州驻扎下来。这样一来，李自成手下的几十万士兵最终都归附了何腾蛟。然而，当何腾蛟向隆武帝上书时，他却只字不提自己招安李自成军队的功绩，反而强调李自成已死，认为这是上天显灵的结果。他还建议隆武帝前往郊外祭祀天地，以感谢神灵的庇佑。
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隆武帝听到这个消息后欣喜若狂，立刻对何腾蛟委以重任，任命他为东阁大学士，并兼任兵部尚书一职。同时，还赐予他定兴伯的封号，并让他继续统领军队。然而，尽管隆武帝如此信任和重视，但朝中大臣们对于李自成是否真的死亡仍心存疑虑。毕竟，这关系到国家的安危和局势的稳定。面对这种情况，何腾蛟并没有因为自己的功绩而骄傲自满。相反，他反复向众人解释说，李自成确实已经死亡，而且尸体也开始腐烂。
尽管如此，朝中一些人仍然对此持怀疑态度。他们认为，李自成可能会利用替身来迷惑敌人，从而达到自己的目的。但是这个时候，南明的主要敌人已经是清军了，别说李自成真死了，就算没死，也顾不上这些了。
面对隆武帝的封赏，何腾蛟表现出了谦逊和低调的态度。他深知自己虽然取得了胜利，但功劳并不完全属于个人，而是全体将士共同努力的结果。因此，当隆武帝想要给他加官进爵时，他坚决推辞，表示自己不能居功自傲。隆武帝得知此事后，十分感动，认为何腾蛟不仅有勇有谋，而且品德高尚。于是，他再次下旨，要求何腾蛟接受封赏。最后，在隆武帝的坚持下，何腾蛟终于接受了官职和爵位。但他依然保持着谦虚的态度，认为自己还有很多不足之处需要改进。
在顺治三年（公元 1646 年）的时候，永历帝正式登基称帝，而何腾蛟也因此被封为武英殿大学士，并获赐太子太保的头衔。尽管何腾蛟是一位忠心耿耿的臣子，但他与史可法面临着同样的困境——麾下缺乏可靠的将领与军队。
时间来到顺治四年（公元 1647 年）春季，何的手下王进才声称军中粮草匮乏，开始在当地四处抢掠，甚至将魔爪伸向了湘阴地区。恰巧此时清兵抵达长沙，王进才惊慌失措地逃往湖北。
面对如此局势，何腾蛟无力防守，只能孤身一人逃向衡州，最终导致长沙和湘阴同时沦陷敌手。