不久王敦病逝，王应秘不发丧，用蜡处理尸体并埋在屋中就与诸葛瑶等纵情声色。

司马绍亦曾派人以司空之位引诱沈充归降，但沈充拒绝，领兵攻向建康。

早前宗正卿—虞潭因病回会稽，听闻沈充起兵后即在余姚起兵讨伐沈充，司马绍于是任命虞潭为会稽内史。

前安东将军—刘超和宣城内史—钟雅亦起兵讨伐王敦，义兴人—周蹇亦杀王敦任命的太守—刘芳，祖约亦驱逐王敦任命的淮南太守—任台。

沈充及后带领一万多兵与王含军会合，司马—顾飏献计沈充——上计建议他引湖水灌入建康，乘水势以水军入城；

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中计建议他集合兵众，全力进攻；

下计为杀死钱凤归降，但沈充都不接纳。

之后，刘遐和苏峻等军来到，沈充与钱凤打算趁远度南下的刘遐等军疲乏而攻击。

于是，领兵渡过秦淮河，护应詹、赵胤等领兵抵抗，但不果。

沈充和钱凤及后到达宣阳门，遭到刘遐和苏峻击破，刘遐及后又在青溪大破沈充。

当时，寻阳太守—周光因王敦兴兵而领数千人赶来，到后求见王敦。

但王应以王敦患病而推却，于是周光推论王敦已死，更向哥哥周抚说：“王敦已死，你为何仍与钱凤等人一起做逆贼？”

各部众听后，全都感到十分愕然。

王含见多次战败，决定烧营逃走。

司马绍回宫大赦，但王敦党众不赦，并命诸将追击王敦各党羽。

比如，派庾亮督苏峻等追击沈充，温峤督刘遐等追击王含、钱凤。

当时，王含想到荆州投靠王舒，但王应认为到江州投靠王彬更好。

结果，王含不听从王应所说，反而投奔荆州。

王含与儿子乘船到荆州，王舒派兵迎接，但其实是命人推他们进江水中溺死。

王敦尸首被起出，焚毁衣服，并跪着斩下头颅示众。

钱凤到阖庐洲时被周光杀死；

沈充则误入旧将—吴儒的家，被吴儒杀死，并传首至建康，与王敦的头一同挂在朱雀桁上。

至此王敦之乱正式结束。