许多北元贵族向明朝投诚。朱元璋采取怀柔政策，将他们安置在大宁都司（今内蒙古宁城西）。不料这些旧朝勋贵难以接受身份地位的改变，很快再次背叛明朝。

朱元璋于是将徐达及八个儿子分封在边塞称王。其中在东北分封四位塞王镇守辽东一带，又在西北宁夏、巴彦淖尔、和林格尔及太原等地分封五位塞王守御河套之地。

公元1392年，因为蒙古部落不断骚扰边境，明军第十一次远征塞北，一路追杀到彻彻儿山（今内蒙古宁城县境内）以北。从此十余年内，蒙古人不敢再进犯明朝北疆。

但明朝边患仍未彻底断绝。蒙古人与他们的恩怨情仇还将继续。

收复漠南、关中和东北地区后，明太祖朱元璋减少了北伐力度，转而将视线投向西南方向的云南。

那里不仅有占据昆明的故元梁王，还有控制大理一带的大理段氏。

朱元璋一如既往先礼后兵，在多次遣使招抚未果后，公元1381年，以傅友德为征南将军，蓝玉、沐英为左右副将军，起兵三十万征讨云南。

明军在云南曲靖东北的白石江上渡江奇袭，大败守军，俘虏两万余人。

曲靖失守，云南门户洞开，明军兵分两路直取昆明。元朝梁王自缢而死。

翌年初，明军收复大理，段氏归降。

云南平定以后，朱元璋下诏命傅友德及蓝玉班师，留下义子沐英镇守云南，巩固边防，发展经济，并传播中原文化。

沐英的本姓至今成谜。有一次，朱元璋想知道他的本姓。但无论朱元璋怎么追问，朱英只是回答：“我就是您的孩子啊。”

朱元璋无奈，只好说道：“你是我的养子，如果不让你恢复本姓，也不能让你随我姓朱了。既然你深念养沐之恩，我就赐你姓沐吧。”

从沐英开始，沐氏子孙世代镇守云南二百六十余年，始终确保西南边境无忧，直至明朝灭亡。