徐阶正式升任内阁首辅，他在朝房的墙壁上题写了三句话：以威福还主上，以政务还诸司，以用舍刑赏还公论。显然想扭转前任弊政，大有一番作为。

就在他任首辅期间，中国历史上的着名清官、户部主事海瑞上《治安疏》，批评明世宗迷信巫术，不理朝政。这篇奏疏指出天下吏贪将弱、民不聊生皆因明世宗的过错所致，文中甚至借用嘉靖之年号，以谐音讽刺明朝“家家皆净而无财用”。

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明世宗愤怒地把奏章砸在地上，诏令左右把海瑞关进诏狱，准备判处其死刑。

海瑞（1514年—1587年）是琼山（今海南海口市）人。他年近四十参加乡试得中举人，此后连续参加三次会试都名落孙山。

海瑞决定放弃科考，以举人入仕，从福建延平府南平县教谕一直干到淳安（今浙江杭州境内）知县。他在这里重新清丈土地、均平赋役，减轻了农民的负担，同时明断案件、兴办社学，很快赢得了海青天的美名。

海瑞生活节俭，穿布袍、吃粗粮，平时种菜自给，只在为母亲做寿时才会买些肉打打牙祭。他为官清廉刚直，从不逢迎上级。

有一次，浙江总督胡宗宪的儿子经过淳安县，因驿吏招待过于轻简而大发脾气，把驿吏倒吊起来。

海瑞闻讯后说：“胡总督考察巡视时，曾下令各地招待不能太铺张浪费。这个人肯定不是胡公的儿子。”他下令没收了胡公子的钱财，同时派人快马报告给胡宗宪。胡宗宪大度一笑，并未治罪海瑞。

海瑞不仅敢得罪顶头上司，而且对当朝首辅也坚持公事公办。

严嵩的党羽、都御史鄢懋卿出巡两浙，经过淳安时，海瑞之提供非常简单的酒饭，而且还以县衙狭小不能容纳众多车马为由，将鄢懋卿拒之门外。鄢懋卿早就听说过海瑞的名声，无可奈何，从此不再过境淳安，甚至连周边县域也都一并绕开。海瑞也因此失去了升任嘉兴通判的机会。

海瑞上《治安疏》前，连棺材都已买好，做了必死的打算。徐阶爱惜这个难得的清官，劝谏明世宗说“杀之则成其名，容之则益见圣德之广。”海瑞不过想赢得直言进谏的名声，皇帝您不能如他的愿，不如放过他显示您的圣德。

明世宗这才饶海瑞不死，但依然把他关在诏狱，罢其官职。

等他气消以后，隐约觉得海瑞也有道理，曾叹息道：“这个人可比比干，但朕不是商纣王啊。”话虽如此，他至死没有释放海瑞出狱。