第三，军机处不仅办事效率更高，保密级别也更高。它简直就是密折制度的延伸。

各地的密折在交给雍正帝以后，如果雍正帝自己忙不过来，就点对点指定军机大臣草拟谕旨，称为“密谕”。再由军机大臣点对点发送上奏者。这封密谕便只有你知、我知、皇帝知，再无第四人知道。

其他政事、奏章也高度注重保密。在批复文件的封袋上，规定右书“办理军机处封”，左书“某处某官开拆”。如果是皇帝亲笔改定的谕旨，则在封袋居中处书写“传谕某处某官开拆”。负责领取文件的官吏也需要签字画押留存根，保密责任层层落实到人。

军机处设有专门的档案房，实行严格的归档保密规定，安排专职保密人员负责管理各类文件档案，这使军机处的保密工作几乎做到了无懈可击。

就这样，一切机密大政均归军机处。雍正帝通过军机处真正的集军政大权于一身，将封建君主集权发展到了顶点。

而议政王大臣会议渐渐形式化直至被废止，内阁则成为办理例行事务的机构。

设立军机处是清朝中枢机构的重大改革。它和奏折制度相结合，实现了天下庶务总归皇帝处理。

乾隆帝继位后，扩大了军机大臣人数，增加了军机处权力，各项制度也不断健全。乾隆时期，军机处承担的职责几乎无所不包，也出台了各种具体的规章制度。但乾隆帝仍然没有为军机处设专官和独立衙署，依然只有建议权而无决策权。

嘉庆时期，军机处被提高到了“平章军国重事”的地位。

慈禧太后时期，军机处和军机大臣的权力被逐步削弱。

宣统年间，清廷仿西方制度设立国会，运行一百八十余年的军机处至此被撤销。

据统计，清朝军机大臣共计一百四十七名，其中汉族七十三人，满族六十三人，蒙古族十一人。

下设的军机章京，即“小军机”，按规定为满员十六人、汉员二十人，共计三十六人，同样也是兼职，选用者必须是进士、举人或拔贡出身。为保密起见，军机章京不设书吏等具体工作人员。